古い形式の特殊な神道を継承する神楽崎一族が実権を握る地方都市葛城市。
葛城学園に通う秋端忍は、神楽崎神社の神職だった父親の死後、民俗学者の卵で天然ボケの姉・優依と二人で暮らしている。
毎日押し掛けてくる世話好きの幼なじみ・めぐみや騒がしい留学生・ルリアたちと、楽しい学園生活を送っていた。
ある日、夢の中で見た不思議な少女と出会ってから忍の周囲で、次々と奇怪な事件が起こり始める。
神楽崎神社の斎宮で生徒会長の緋美子に呼び出された忍は、神楽崎一族の忌まわしい秘密を打ち明けられ事件の探索を依頼される。
校舎に現れたおびただしい血痕、何者かによって破壊された史跡。
失踪する女生徒と猟奇的○○事件。
夜の校舎を徘徊する寂しげな少女・くるみ、元拝み屋のルポライター・石上、姉優依の不可解な行動。
謎が深まるなか、花と供に撒き散らされる災厄を鎮めるため古来から行われてきたという鎮花祭(はなしずめのまつり)が始まろうとしていた。