地上から降りてくると伝えられる「ベクター」と呼ばれる謎の敵生体から守るために、人類は地下3000メートルに巨大防衛都市を建設した。しかし、防衛都市の資源が枯渇し、防衛戦どころか、このままでは人類滅亡は時間の問題であった。
そこで、莫大な予算をつぎこみ、劣勢を挽回すべく「イ号型局地迎撃兵器/IMA-01」を実用化させた。だが、IMA-01（ナナコ）の効果を発揮させるためには、委任者という精紳同調者が必要だった。
急遽、帝都の牢獄で長年監禁されていた主人公「杉山」が委任者として抜擢された。しかし、杉山は帝都の帝国主義思想を恨んでいた。その彼に究極の兵器、IMA-01が渡される…。

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